Sekretariat Direktorat Jenderal Pembangunan Desa dan Perdesaan merupakan unit organisasi Direktorat Jenderal Pembangunan Desa dan Perdesaan di bidang koordinasi dan pelayanan administratif.

Sekretariat Direktorat Jenderal Pembangunan Desa dan Perdesaan dipimpin oleh Sekretaris Direktorat Jenderal yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal.

Sekretariat Direktorat Jenderal Pembangunan Desa dan Perdesaan mempunyai tugas melaksanakan pemberian pelayanan administratif dan teknis, koordinasi pelaksanaan tugas unit organisasi, serta urusan umum dan kerumahtanggaan di lingkungan Direktorat Jenderal.

Dalam melaksanakan tugas Sekretariat Direktorat Jenderal Pembangunan Desa dan Perdesaan menyelenggarakan fungsi: 

1. koordinasi penyusunan kebijakan, rencana, program, evaluasi, dan pelaporan Direktorat Jenderal;
2. koordinasi dan pembinaan pengelolaan keuangan dan barang milik negara di lingkungan Direktorat Jenderal;
3. pembinaan hukum dan koordinasi penyusunan peraturan perundang-undangan dan instrumen hukum di lingkungan Direktorat Jenderal;
4. pengelolaan urusan kepegawaian Direktorat Jenderal;
5. koordinasi dan fasilitasi pembinaan organisasi, tata laksana, dan reformasi birokrasi Direktorat Jenderal; dan
6. pelaksanaan urusan umum dan kerumahtanggaan Direktorat Jenderal.

Sesuai dengan Permen Kemendesa No.6 Tahun 2015