Sekretariat Direktorat Jenderal mempunyai tugas melaksanakan pemberian pelayanan administratif kepada semua unsur satuan organisasi di lingkungan Direktorat Jenderal Pembangunan dan Pemberdayaan Masyarakat Desa.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 108, Sekretariat Direktorat Jenderal menyelenggarakan fungsi:

1. Koordinasi dan penyusunan rencana, program, dan anggaran, serta evaluasi dan pelaporan di bidang pembangunan dan pemberdayaan masyarakat desa
2. Pengelolaan data dan informasi
3. Pelaksanaan urusan keuangan dan barang milik negara Direktorat Jenderal
4. Pelaksanaan urusan kepegawaian dan umum
5. Penyiapan penyusunan rancangan peraturan perundangundangan dan advokasi hukum
6. Penataan organisasi dan tata laksana

Sesuai dengan Permen Kemendesa No.6 Tahun 2015